อนุภาคนาโนที่มีลักษณะคล้ายเซลล์ซึ่งมุ่งเป้าไปที่เซลล์ภูมิคุ้มกันที่ขับเคลื่อนปฏิกิริยาภูมิต้านทานตนเองเท่านั้น ทำให้ระบบภูมิคุ้มกันส่วนที่เหลือไม่เสียหายและมีสุขภาพดี อนุภาคนาโนล่าช้าอย่างมาก และในสัตว์บางตัวสามารถป้องกันโรคร้ายแรงในรูปแบบโรคข้ออักเสบในหนูได้ ข้อได้เปรียบที่เป็นไปได้ของแนวทางนี้คือ ช่วยให้สามารถรักษาโรคภูมิต้านตนเองได้อย่างปลอดภัยและในระยะยาว
โดยที่ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเนื้อเยื่อหรืออวัยวะของตัวเอง โดยใช้วิธีการที่ไม่ทำให้เกิดการกดภูมิคุ้มกันในวงกว้าง โรคภูมิต้านตนเอง เช่น โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ เกิดขึ้นเมื่อระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเนื้อเยื่อหรืออวัยวะของบุคคลโดยไม่ได้ตั้งใจ ความเจ็บป่วยเหล่านี้ส่งผลกระทบต่อผู้คนประมาณ 10 ล้านคนในสหรัฐอเมริกาเพียงแห่งเดียว การรักษาที่มีอยู่และมีประสิทธิภาพสำหรับผู้ป่วยจำนวนมาก แต่มีแนวโน้มที่จะระงับระบบภูมิคุ้มกันโดยไม่เลือกปฏิบัติ ทำให้เกิดความไวต่อการติดเชื้อและมะเร็งมากขึ้น ท่ามกลางผลข้างเคียงอื่นๆ แนวทางที่มุ่งเป้าไปที่ระบบภูมิคุ้มกันให้แคบลง โรคแพ้ภูมิตนเองหลายชนิดถูกกระตุ้นหรือขับเคลื่อนโดยการโจมตีของระบบภูมิคุ้มกันต่อโปรตีนเพียงชนิดเดียวในร่างกายของผู้ป่วยที่เรียกว่า “แอนติเจนในตัวเอง” แนวคิดที่เป็นรากฐานของกลยุทธ์อนุภาคนาโนคือการกำจัดหรือปิดใช้งานเฉพาะเซลล์ภูมิคุ้มกันที่โจมตีแอนติเจนในตัวเอง ซึ่งเป็นแนวทางที่อย่างน้อยอาจมีประสิทธิผลเท่ากับการปราบปรามภูมิคุ้มกันในวงกว้างโดยไม่มีผลข้างเคียง โรคภูมิต้านตนเองที่ครอบงำโดยการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันต่อแอนติเจนในตัวเองเพียงตัวเดียว ได้แก่ โรคข้ออักเสบบางรูปแบบ โรคพุพองที่ผิวหนังที่เรียกว่า pemphigus และโรคต่อมไทรอยด์ โรค Graves’